同一級(jí)生物安全柜一樣，氣體也是從外部流入二級(jí)生物安全柜，通常稱為進(jìn)流。進(jìn)流能夠防止微生物操作時(shí)產(chǎn)生的氣溶膠從安全柜前面操作窗口逃逸到實(shí)驗(yàn)室內(nèi)。然而，它們不同于一級(jí)生物安全柜之處為，只讓經(jīng)HEPA過濾的(無菌的)空氣流過工作臺(tái)面。內(nèi)置風(fēng)機(jī)將空氣經(jīng)前面的開口引入安全柜內(nèi)并進(jìn)入前面的進(jìn)風(fēng)格柵。因此沒有經(jīng)過過濾器過濾的空氣不會(huì)直接進(jìn)入工作區(qū)，從而保護(hù)安全柜內(nèi)部存放的樣品和儀器不被外界空氣所污染。
二級(jí)生物安全柜的其中一個(gè)特點(diǎn)就是由垂直層狀薄片的(無定向的)HEPA過濾器過濾后，再安全柜內(nèi)部形成向下流動(dòng)的氣流。氣流不斷地沖能可產(chǎn)生空氣傳播感染的安全柜內(nèi)部，從而避面存放在柜體內(nèi)的樣品受到感染。這樣的氣流被稱作下沉氣流。
不同型號(hào)的二級(jí)生物安全柜的主要區(qū)別在于排氣的比例以及氣體經(jīng)過空氣高壓再循環(huán)的比例不同。另外，不同的二級(jí)生物安全柜具有不同的排氣方式：有的安全柜將空氣過濾后直接排到室內(nèi)，有的是通過連接到專用通風(fēng)管道上的套管或通過建筑物的排風(fēng)系統(tǒng)排到建筑物外面。
二級(jí)生物安全柜的主要結(jié)構(gòu)：
1.頂部聚風(fēng)罩（可接外排管道，選配件）；
2.無框架前窗，可提供更廣闊，無障礙操作視野；
3.整塊不銹鋼操作臺(tái)面，一體成型，方便清潔；
4.內(nèi)置插座電源；
5.操作按鍵位于前面板中心，方便操作；
6.可選不同類型的支架（平角支架，萬向輪支架，液壓伸縮支架）。
二級(jí)生物安全柜的氣流模式探討：
進(jìn)氣流：氣體流入操作臺(tái)面的進(jìn)氣隔柵，不進(jìn)入工作區(qū)域避免了樣品/產(chǎn)品污染。
氣體回流路徑：進(jìn)氣流順著操作臺(tái)后面的回流路線向上流動(dòng)并和從后面隔柵流入下沉氣流相遇。此混合氣體流入后面的回風(fēng)腔內(nèi)，然后在進(jìn)入風(fēng)機(jī)入口前形成負(fù)氣壓。風(fēng)機(jī)在頂部產(chǎn)生正氣壓。如果正氣壓處有泄漏，此泄漏將被周圍的負(fù)氣壓推回正氣壓室，從而避免泄漏。
約32%的氣體經(jīng)上方ULPA超高效過濾器過濾后排出，從而阻止污染物排入外界環(huán)境。剩下的68%的空氣經(jīng)下沉氣流ULPA超高效過濾器過濾后，形成可再循環(huán)潔凈氣流，避免柜內(nèi)產(chǎn)品/樣品的受到污染。
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